Để phân loại rễ người ta căn cứ theo nhiều tiêu chí. Nếu trong quá trình sinh trưởng vòng đời của thực vật thì sẽ có hai loại: rễ sơ sinh và rễ thật.

• Rễ sơ sinh: Là rễ của thực vật phát triển đầu tiên khi hạt cây (hoặc cơ quan sinh sản) nảy mầm. Sau đó thì rễ này có thể là tiêu biến đi hoặc phát triển tiếp gắn bó với vòng đời sinh trưởng của thực vật.
• Rễ thực thụ: Là những rễ cây sinh ra trong quá trình phát triển của cây, chúng có thể là mới hoàn toàn hoặc phát triển từ rễ sơ sinh.

Nếu phân loại vào vị trí của rễ cây thì chúng ta có thể phân loại thành ba loại chính: Rễ chính, rễ phụ, rễ bên.

• Rễ chính: Chính là rễ sơ sinh phát triển thành. Việc tồn tại loại rễ này là tùy từng loài thực vật.
• Rễ phụ: Ở nhiều loài thực vật, sau khi rễ sơ sinh hoàn thành nhiệm vụ phát triển của giai đoạn nảy mầm thì sẽ tiêu biến đi, và thay vào đó là phát triển từ cổ rễ ra các rễ mới đảm bảo quá trình phát triển của cây.
• Rễ bên: Là các rễ phát triển trong quá trình phát triển của cây khi chúng được mọc ra, phân nhánh từ rễ chính hoặc rễ phụ mà không phải mọc ra từ cổ rễ của cây.

Bộ rễ của thực vật sẽ được phân loại dựa theo số lượng và cấu tạo từ các rễ của cây. Thường sẽ phân loại thực vật theo hai hệ rễ:

• Hệ rễ cọc: Là cấu tạo của bộ rễ mà trong đó chỉ có tồn tại hai loại rễ là rễ chính và rễ bên.
• Hệ rễ chùm: Là bộ rễ có cấu tạo chỉ từ các rễ phụ và rễ bên.